干细胞甲基化 🦋 protocol（nanopore 甲 🌷 基化）
- 作者: 胡芊洛
- 来源: 投稿
- 2025-04-21
1、干细 🐬 胞甲 🌿 基化protocol
干细 💮 胞甲基化实验方 🦍 案
材料干 🐬 细胞样 🦉 品
甲基转 🕊 移酶抑制 🌾 剂 🌲
脱氧 🐺 核 🐋 糖核酸甲基转移酶（DNMT）抑制剂
培养基培养皿
移液枪 🌼 和 🐡 枪 🕷 尖
发育板聚 💐 合酶链反 🦢 应（PCR）引物 🐋
PCR仪 💐
琼脂糖凝胶 🦁 电 🕷 泳装置 🐼
凝 🐛 胶成 🦆 像 🦁 系统
步骤1. 培 🐶 养干细胞
在培养 🐕 基 🐘 中培养干细胞至约 80% 的汇合度。
2. 处理干细胞 🦋
将甲基转移 🐡 酶抑制 🍁 剂和/或抑制剂 DNMT 添加到培养基中，达到所 🪴 需的浓度。
孵 🌾 育干细 🐘 胞 2472 小时。
3. 收获干 🌺 细胞
收获干细胞并 🐈 用 PBS 洗涤 🐼 。
4. 提 🐬 取 🦋 DNA
使用 DNA 提取试剂盒从干细胞中提 🍁 取 🐱 DNA。
5. PCR 分 🌿 析 🐼
使用特异性引物扩 🐺 增感 🐬 兴 🌴 趣基因的 DNA 片段。
使用琼脂糖凝胶 🐛 电泳分离 PCR 产物。
6. 甲基化分 🌼 析
使用甲基化特异性 💐 内切酶（MSRE）或其他甲基化分析方法来评估甲基化 DNA 水平。
例如，可以通 🐞 过 🌷 bisulfite 处理并使用甲基化特异性 PCR 来评估 CpG 位点的甲基化。
7. 数 ☘ 据分析
定 🦉 量 PCR 结 🌿 果或 MSRE 分析结 🌲 果。
比较处理组和 🌻 未处理组之间的甲基化水 🐎 平。
提示根据目标甲基化程 🦢 度选择合适的抑制剂浓度和 🪴 孵育时间。
使用未处理的细 🐡 胞作为对照。
重复实 🐳 验 🌷 以确保结果可重复性。
考虑使用基因 🐋 组学方法，例，如甲基化芯片或测序以获得 🦁 更全面的甲基化分析。
2、nanopore 甲 🌹 基化 🦋
nanopore甲基 🕷 化 🦉
nanopore甲基 🐶 化是一种新兴的测序技术，它 🐅 利用纳米孔阵列来检测DNA分子 🍁 中的甲基化模式。与传统的基于化学反应的方法不同甲基化，nanopore直DNA接，读取分子的电学信号从而能够快速、准DNA确。且成本效益高地分析甲基化
原理：纳 🐅 米孔纳米孔 🐼 ：是一个嵌入在薄 🐱 膜中的小孔，其尺寸仅为DNA分子大小。
DNA穿 🦋 孔：当 🐠 DNA分子通过纳 🌹 米孔时，它会阻断电流通路。
电信号：阻断的电信号是由纳米孔中的DNA分子长度、序列和甲基 🦁 化状态决定的。
nanopore甲 🕸 基化如 🦟 何检测甲基化？
甲基化会影响DNA分子的电学特性甲基。5胞嘧啶的 (5mC) 存DNA在会使分子更具刚性，从而导致nanopore中电。信，号DNA的 🦈 。差异通过分 🌹 析这些电信号模式可以确定分子的甲基化状态
优势：快速 🐼 ：单分 🪴 子测序，可实现高通量 🪴 分析。
准确：直接读取电学信号，无需化学转 🦋 换或放 🐕 大。
成本效益高：可扩展性高可，用于大 🐺 规模分析。
长读长：可产生长达数百kb的连续读长，从而 🐺 全面了解DNA甲基化谱。
多重修饰检测：可同时检测 🕊 DNA甲基 🪴 化和其他表观遗传修饰，如羟甲基化和乙酰化。
应用：表观遗传学研究表：征DNA甲基化模式、理解其在基因调控和疾病中 🐠 的作用。
精准医学：识别 🐞 与癌症、神经 🌼 退行性疾病和免疫疾病相关的甲基化异常。
农业：研究 🐡 植物甲基化模式与作物产量和抗病性 🐦 之间的关系。
现状 🌵 和未来发 🐠 展：
nanopore甲基化是一项不断发展的技术，其应用范 🌾 围正在不断 🐯 扩大。随着纳米孔技术的进步和生物信息学工具的改进甲基化，nanopore有。望在表观遗传学研究和精准医学中发挥越来越重要的作用
3、gene body甲 🐛 基化 🐛
基因体甲 🌵 基 🪴 化
基因体甲基化是 🌳 表观遗传修饰的一种，涉及 DNA 中胞嘧啶碱基的甲基化。它，在基因。调控中起重要作用影响基因表达 🌾 和染色质结构
基因体 🌻 甲基化类 🌴 型 🌹
CpG 岛甲基化：这 CpG 些区域富含二核苷酸，通，常，无甲基化 🌼 与启动子区 🐋 相关促进基因表达。
基因体甲基化：发生在 CpG 岛以外的 DNA 区域，通常与基因沉 🐘 默相关。
基因体 🐦 甲基 🐶 化与基因 🐴 表达
CpG 岛甲基化：通常与基因沉默相关因，为甲 🐡 基化阻碍转录因子结合和启动子活性 🕊 。
基因体甲基化：可以促进或抑制基因表达，具体 🐠 取决于 🦊 其位置和 DNA 序 🐼 列背景。
基因体甲基化的功 🌳 能
基 ☘ 因调控 🐛
染色质 🐵 结构 🐟
X 染色体失 💐 活
印迹癌症和 🐎 衰老
影响基因 🕊 体甲 🍀 基化的因 🐬 素
年龄环境
饮食
药物
基因 💐 体甲基化与疾病
基 🦈 因体甲基化异常与各种 🌵 疾病 🐠 有关，包括：
癌症心血管疾 🕷 病
神 🦁 经退行性疾病
自身免 🐼 疫性疾 🦍 病 🐈
基 🌳 因体甲基化测定 💮
可以使用多种技术来测量基 🦈 因体 🌳 甲基化，包括：
甲 🌷 基化特 🐡 异性 🌾 PCR
重亚硫酸氢钠转化测 🐟 序
酶 🦈 学测定
4、细胞甲基 🕷 化是什么 🦄 意思
细胞甲基化是指向 DNA 或 🍀 组蛋白 🐯 （包 DNA 裹的蛋白质）中添加甲基基团的（CH3）过程。它是一种表 🐛 观遗传调控机制，影 DNA 响基。因表达而不改变序列
DNA 甲 🐵 基 🌻 化：
将甲基基团添加到 DNA 中的胞嘧啶碱基的第五个碳原子（CpG 位点 🌷 ）。
通常导致基因 🐒 沉默因，为它干扰转录因子的结合和 RNA 聚合酶的活动。
在基因组印记、X 染色体失 🐦 活和其他发育过程中起 🐶 重要作用。
组蛋白 🐋 甲基化：
将甲基 🌻 基团添加到组蛋白的特定氨基酸残基上 🐝 ，如赖氨酸或精 🐎 氨酸。
影响 🐎 染色质结 🐟 构和基因 🌻 表达。
甲基化图 🌴 案 🐒 可以激活或抑制基因。
在转录调控、细胞分化和疾病过程中发挥 🦅 作用。
细 🦉 胞甲基化的意义：
细胞甲基化在 🐵 生 🦄 物学 🍀 中具有多个重要功能：
基因表达调控表：观遗传标记指导基因表达，影响细胞 🦁 命运、发育和疾病。
发育和分化：DNA 甲基化在胚胎发育、组织特异性基因表达和干细胞分化 🪴 中起关键作用。
基因组稳定性 🦋 ：DNA 甲 🦁 基化有助于维持基因组完整性，防止转座子和病 🦆 毒入侵。
疾病：甲基 🦟 化异常与多种疾病有关，包括癌症、神经疾病和免疫疾病 🌻 。
环境 🦉 影响环境：因素，例，如，饮食和毒 🐧 素可以影响细胞甲基 🦅 化模式从而影响健康。
